Ważna zasada przy projektowaniu schematu w MongoDB mówi, żeby dane, do których dostęp jest zwykle wspólny, przechowywać razem. Jest to całkowicie sprzeczne z koncepcją normalizacji – dzieleniem danych tak, żeby uniknąć duplikowania i ograniczyć potrzebne miejsce na dane – czyli ze wszystkim, co znamy z relacyjnych baz danych.