Korzystając z jądra Linux 6.8.12-4 jako stabilnego domyślnego z 6.11 jako opcją, Proxmox Backup Server 3.3 obsługuje ZFS 2.2.6 i jest oparty na wydaniu Debian 12.8 "Bookworm". Lista zmian obejmuje również obsługę wymiennych magazynów danych, nowe tryby wykrywania zmian i kierunek push dla zdalnych zadań synchronizacji i nie tylko.